În volumul V din seria Studii și documente cu privire la istoria Romînilor (București, 1903), în partea VI. Documente relative mai ales la Botoșani și împrejurimi, din colecția d-lui Al. Callimachi, la nr. 82, Nicolae Iorga trimite la un document care reconstituie  „ridicarea” mănăstirii Agafton:

„Iași, 1-iŭ Octombre 7238 (1729). Grigore-Vodă Ghica lui  «Agafton săhastrul», ce «aŭ mersu în codrul ce este pe locul domnescu la ocolul Botășenilor, și au curățat pădure, și s'au făcut mînăstioar[ă] cu chillii, și s'au pus pomeți pe lăngă chilii». Supărat de călugării de la mînăstirea Doamnei. Domnul scrie la Vornicii de Botoșani: chiamă «tărgoveți bătrîni de Bot[o]șani». I se dăși o «poeniță», «pe loc domnesc», lingă «săhăstria» lui” (p. 232).

O legendă, consemnată de autorii Marelui Dicționar Geografic al Romîniei, întregește istoria cu partea de mit: „Legenda spune ca sunt mai mult de 100 ani, cînd pe locul mănăstirei era pădure, un călugar, numit Agafton, de la foasta mănăstirea Doamnei, pogorîndu-se în pădure auzi di'ntr'un frasin un glas îngeresc, și întorcîndu-se la ai săi, spuse cele auzite. În urmă vre-o câți-va călugări au tăiat frasinul și arborii vecini și au clădit o bisericuță de lemn pe locul frasinului și cîte-va chilii împrejur” (Vol. I, București, 1898, p. 23).

În secolul XIX așezământul devine mănăstire de călugărițe. Tot legenda spune: „Călugării însă n'au putut sta mult timp aici, căci se zice că au fost alungați de Olăreasa din familia Pisoschi, care s'a călugărit și a adus în locul călugărilor, călugărițe de pe la mănăstirile vecine, iar ea a devenit stariță”.  Documentul confirmă, în parte legenda: pe 14 iulie 1820, „Mitropolitul Veniamin face stareță la Agafton, de unde predecesoarea «s'au tras, din pricina slăbiciunii și a neputinții în care să află», pe aleasa maicilor de acolo, «shimonahie Magdalina Pisoțchi, care să află petrecînd viiață în cuviințată, după încredințarea ce mi-au dat Prea-Cuv. Sa arhimandritul și igumen monastirii Coșula, chir Irinarh»” (N. Iorga, p. 261).

La sfârșitul secolului XIX, în mănăstire erau 3 preoți, 1 diacon,124 de călugărițe (dintre ele, 53 știutoare de carte).

Printre călugărițe, trei dintre surorile Ralucăi, mătușile lui Eminescu, și o nepoată (respectiv, verișoară) – Xenia Velisar.